Inwentaryzacja ma na celu ustalenie rzeczywistego stanu aktywów i pasywów: należy porównać jej wyniki ze stanem ewidencyjnym, ustalić różnice i dokonać ich wyceny. Następnie należy określić, jakie są przyczyny powstałych różnic i jak je rozliczyć. Konsekwencją powyższych ustaleń będzie zaksięgowanie różnic inwentaryzacyjnych oraz podjęcie czynności zmierzających do ich rozliczenia (np. postępowanie sądowe czy egzekucyjne). Należy pamiętać o skutecznym (pisemnym) wyznaczeniu osób materialnie odpowiedzialnych za powierzone mienie: należy przeprowadzić inwentaryzację zdawczo-odbiorczą, a następne przeprowadzać ją systematycznie w wymaganych przypadkach i terminach oraz dokonać zabezpieczenia mienia, tak aby osoby postronne nie mogły nie miały doń dostępu bez udziału osoby materialnie odpowiedzialnej (dział V Kodeksu pracy).

Ważnym celem inwentaryzacji jest również sprawdzenie, w jakim stanie są aktywa (czy się nie zniszczyły, nie przeterminowały itp.). Jeśli doszło do istotnego uszczerbku wartości zapasów - powinno się dokonać ich fizycznej likwidacji w ciężar pozostałych kosztów operacyjnych (są to również koszty podatkowe).

Jeśli zapas nie utracił swojej istotnej wartości (nadal może być zbyty jako towar niepełnowartościowy) - powinno obniżyć się jego wartość ewidencyjną w ciężar pozostałych kosztów operacyjnych (nie są to koszty podatkowe na dzień bilansowy).

Przy organizacji i rozliczaniu skutków inwentaryzacji warto skorzystać z uchwały z 26.04.2016 r. Komitetu Standardów Rachunkowości w sprawie przyjęcia stanowiska Komitetu w sprawie inwentaryzacji drogą spisu z natury zapasów materiałów, towarów, wyrobów gotowych i półproduktów (gov.pl/web/finanse/stanowiska-komitetu).

Podatek dochodowy

Ustawa o podatku dochodowym nie reguluje w sposób szczególny kwestii niedoborów i nadwyżek stwierdzonych podczas inwentaryzacji. Nadwyżka (pozostała po kompensacie) jest przychodem podatkowym (art. 12 ustawy CIT), a niedobór jest kosztem (art. 15 ust. 1 ustawy CIT), o ile powstał w sposób niezawiniony i wiąże się z działalnością przedsiębiorstwa (art. 15 ustawy CIT).

Niedobory mogą być różnego rodzaju:

1. niedobory pozorne, które wynikają z błędu pomiaru czy dokumentacji, najczęściej zostają wyeliminowane poprzez ponowne sprawdzenie stanu magazynowego  - nie powstają koszty rachunkowe i podatkowe,
2. niedobory mieszczące się w granicach przyjętych w jednostce norm ubytków naturalnych (są kosztem działalności). Uwaga! wysokość ubytków naturalnych - powstałych np. na skutek procesów fizycznych czy chemicznych  - powinna być ustalona w zarządzeniu o inwentaryzacji zapasów lub w dokumentacji zawierającej politykę rachunkową przedsiębiorstwa - są kosztem podatkowym,
3. niedobory powstałe na skutek pomyłkowej zamiany podobnych składników (podlegają kompensacie) - powstałe po kompensacie nadwyżki i niedobory są przychodem i kosztem rachunkowym i podatkowym,
4. niedobory ponad normę powstałe na skutek zdarzeń losowych lub w inny sposób niezawinione (są pozostałym kosztem operacyjnym) - są kosztem podatkowym,
5. niedobory zawinione, uznane pisemnie przez pracownika (są rozrachunkiem, ewentualna kwota dodatkowa obciążenia jest najczęściej przychodem rozliczanym w czasie) - mogą być przychodem podatkowym,
6. niedobory zawinione, kwestionowane przez pracownika mogą być roszczeniem spornym (należy utworzyć na nie odpis aktualizujący, koszty postępowania są pozostałym kosztem operacyjnym) - odpisy i koszty dochodzenia niedoboru są kosztem podatkowym.

Najwięcej wątpliwości budzi sytuacja, gdy niedoboru nie można przypisać żadnej osobie (nie wiadomo, kiedy do niego doszło i jakie osoby za to odpowiadają). Ustawa o podatku dochodowym nie przesądza, czy taki niedobór jest kosztem uzyskania przychodu. Można się tu jednak posiłkować wyjaśnieniami organów podatkowych oraz orzecznictwem sądów administracyjnych. Art. 9 ustawy o podatku dochodowym nakazuje podatnikom prowadzić księgi rachunkowe w sposób prawidłowy tak, aby można było z nich wyliczyć poprawnie podatek dochodowy. W przypadku inwentaryzacji o poprawności jej rozliczenia będzie przesądzał fakt czy jednostka spełniła wymogi art. 27 ustawy o rachunkowości. Otóż wyniki inwentaryzacji należy odpowiednio udokumentować, a ujawnione różnice inwentaryzacyjne należy wyjaśnić i rozliczyć w roku podatkowym, na który przypadał termin inwentaryzacji. Wymagania rachunkowe są sformułowane bardzo ogólnie, ale kładą nacisk na sporządzenie właściwej dokumentacji. W prawie podatkowym przyjęto zasadę, że ciężar dowodu spoczywa na osobie, która z określonych faktów wywodzi skutki prawne.

Niezbędne jest przeprowadzenie postępowania wyjaśniającego co do przyczyny i okoliczności powstania rozbieżności w postaci niedoborów i nadwyżek w środkach obrotowych, pozwalającego jednoznacznie stwierdzić, że ujawniona w trakcie inwentaryzacji strata w towarach powstała, mimo że podatnik dołożył należytej staranności w celu jej uniknięcia - interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 21.03.2008 r. nr IP-PB3-423-46/08-2/MS.

Niedobory pozostałe mogą być kosztem podatkowym, jeśli są niezawinione, np. wynikają ze zdarzeń losowych nie do uniknięcia przez racjonalnie działający podmiot gospodarczy, powstały z przyczyn niezależnych od osób materialnie odpowiedzialnych. Przy niedoborach związanych z kradzieżą należy dodatkowo wykazać, że dołożyło się wszelkiej staranności w celu ochrony mienia, czyli teren zakładu czy magazynu jest odpowiednio zabezpieczony, a materiały czy towary są składowane w miejscach do tego zabezpieczonych a nie w miejscach ogólnie dostępnych oraz są określone osoby odpowiedzialne za mienie. Kradzież nie musi być udokumentowana protokołem policji (decyzja Izby Skarbowej w Warszawie z 22.05.2006 r. Nr 1401/PD-423OZ-23/06/KST).

Generalnie uważa się, że kosztem podatkowym mogą być tylko takie straty, których występowanie w toku działalności danego rodzaju jest nieuniknione i gdy przyczyny utraty towaru zostały wykazane (wyrok NSA z 7.08.2001r. sygn. akt III SA 2041/00), a utrata nie była następstwem niewłaściwego działania podatnika, czy tez osób z nim związanych (np. wyrok NSA z 4.08.1999r. sygn. akt III SA 5669/98, interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 6.06.2013r. nr IPTPB3/ 423-97/13-2/KJ).

Niedobory a korekta podatku naliczonego VAT

Jeżeli podatnik zakupił towary w celu ich wykorzystania w działalności opodatkowanej, miał prawo odliczyć podatek naliczony z dokumentu zakupu. W przypadku stwierdzenia niedoboru tych towarów należy zastanowić się, czy sytuacja taka nie powoduje konieczności skorygowania (pomniejszenia) odliczonego podatku VAT. Ważny jest tu rodzaj niedoboru - zawiniony czy niezawiniony przez podatnika.

Jak wskazuje orzecznictwo TSUE - dla zasady neutralności VAT istotne jest zarówno rzeczywiste wykorzystanie nabytych towarów dla celów wykonywania czynności opodatkowanych jak też i zamiar takiego ich wykorzystania w momencie ich nabycia: „w przypadku gdy nabycie towarów lub usług nastąpiło z zamiarem ich wykorzystania do czynności opodatkowanych i podatnik odliczył podatek naliczony przy ich zakupie, a następnie z powodów od podatnika niezależnych nie wykorzystał tych towarów do prowadzenia działalności opodatkowanej, to prawo do odliczenia jest zachowane” (wyrok   TSUE C-37/95  z 15.01.1998r.).

Organy podatkowe przyjmują, że w sytuacji, gdy:

• podatnik nabywa towary handlowe z zamiarem ich wykorzystania do czynności opodatkowanych,
• przyczyny, dla których nabyte towary nie są wykorzystywane do prowadzenia działalności opodatkowanej, występują niezależnie od woli podatnika, gdyż ujawnione w wyniku inwentaryzacji niedobory są normalnym i w żaden sposób niezamierzonym ani przez spółkę, ani przez kierowników punktów sprzedaży skutkiem prowadzenia działalności gospodarczej (nie są zatem przez podatnika zawinione),

- powstałe niedobory towarów handlowych nie mogą mieć wpływu na prawo do odliczenia podatku naliczonego powstające przy ich nabyciu.

Podatnik zachowuje prawo do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów, które z przyczyn niezależnych nie zostały wykorzystane do działalności opodatkowanej i nie ciąży na nim obowiązek korekty podatku naliczonego z tytułu nabycia przedmiotowych towarów. Dotyczy to również sytuacji, gdy towary są przedmiotem kradzieży dokonanej przez pracownika, który był za nie odpowiedzialny (interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 4.09.2013 r. Nr IPPP3/443-527/13-2/LK. Także interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 28.04.2014 r. Nr ITPP2/ 443-166/14/EK, wyrok NSA z 14.10.2010 r., sygn. akt I FSK 1450/09, interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 9.11.2020 r. Nr 0114-KDIP4-2.4012.479.2020.1.WH).

Natomiast niedobór towarów handlowych, który powstał na skutek niedopełnienia obowiązków przez osobę materialnie odpowiedzialną za powierzone jej mienie, jest niedoborem zawinionym i obliguje podatnika do korekty podatku naliczonego odliczonego przy zakupie towarów na podstawie art. 91 ust. 7d ustawy VAT za miesiąc, w którym rozliczono inwentaryzację (interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 7.02.2012 r. Nr ILPP2/43-1603/11-4/AK. Także: wyrok WSA w Rzeszowie z 19.01.2012 r. I SA/Rz 785/11; wyrok NSA z 19.07.2011 r. I FSK 1123/10; wyrok WSA w Poznaniu z 15.12.2020 r., I SA/PO 210/20).

Podstawa prawna:
- Ustawa z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (jednolity tekst w Dz.U. z 2025 r., poz.278 z późn. zm.) zwana ustawą CIT
- Ustawa z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (jednolity tekst w Dz.U. z 2025 r., poz. 163) zwana ustawą PIT
- Ustawa z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2024 r. ,poz. 361 z późn. zm.) - zwana ustawą VAT