Zasadniczo, ustawa o VAT przewiduje możliwość odliczenia podatku VAT wynikającego z dokumentu celnego, w tym decyzji wydanej przez organ celny (art. 86a ust.2 pkt 2 lit. d ustawy o VAT). Jednakże w odniesieniu do tej regulacji Trybunału Sprawiedliwości wydał wyrok w dniu 25 czerwca 2015 r. syg. C-187/14, w którym odniósł się do artykułu 168 lit. e) dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej. Wynika z niego, że prawo do odliczenia podatku VAT posiadają tylko podmioty, które są właścicielem przewożonego towaru.

TSUE wskazał bowiem, iż ,,Artykuł 168 lit. e) (…) należy interpretować w ten sposób, że nie sprzeciwia się on przepisom krajowym wykluczającym odliczenie podatku od wartości dodanej związanego z przywozem, do zapłaty którego zobowiązany jest przewoźnik, który nie jest ani importerem, ani właścicielem towarów, o których mowa, lecz który jedynie zapewnił wykonanie transportu i odprawę celną w ramach swej działalności przewozowej podlegającej podatkowi od wartości dodanej”

Tożsame stanowisko zajął Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z dnia 6 lutego 2017 r.  nr 1462-IPPP3.4512.910.2016.1.JF. 

W przytoczonej interpretacji podatnik zadał pytanie, czy przysługuje mu prawo do odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego, który musiał zapłacić w związku z dokonanym importem w charakterze przedstawiciela celnego. Organ wskazał: ,,Jeżeli zatem zgłoszenie towarów do odprawy celnej dokonywane jest przez przewoźnika, który na podstawie przepisów celnych może zostać zobowiązany do uiszczenia zobowiązania wynikającego z cła oraz podatku VAT z tytułu importu towarów, uiszczony przez tego przewoźnika należny podatek z tytułu importu towarów nie będzie stanowił u niego podatku naliczonego i nie będzie podlegał odliczeniu. Te same zasady w kwestii odliczania podatku naliczonego będą dotyczyły wszystkich podmiotów, które w rozumieniu przepisów Wspólnotowego Kodeksu Celnego mogą być uznane za dłużników i zobowiązane do uiszczenia należnego podatku VAT z tytułu importu towarów (np. przedstawiciele pośredni, agencje celne, osoby usuwające towar spod dozoru celnego, przewoźnicy, podmioty dokonujące importu towarów na rzecz innych podmiotów itd.). Katalog tych podmiotów pokrywa się co do zasady z katalogiem dłużników (art. 201-216 WKC). W każdym przypadku należy zatem badać, czy koszt towarów powodujących naliczenie podatku z tytułu importu jest włączony w cenę transakcji objętych podatkiem należnym (w cenę towarów lub usług), świadczonych przez tego konkretnego podatnika w ramach jego działalności gospodarczej.”

Na gruncie podatku dochodowego (PIT oraz CIT) kosztem uzyskania przychodu może być podatek należny, jeżeli nie stanowi on podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług.  Zatem w przypadku, gdy w związku z poniesionym wydatkiem i jednoczesnym brakiem prawa do odliczenia podatku VAT podatnik ma prawo do zaliczenia zapłaconego podatku VAT z tytułu importu towaru, którego nie jest właścicielem na poczet kosztów uzyskania przychodów.