Wiele wątpliwości budzi sytuacja, gdy podatnik nie ma możliwości uzyskania komunikatu IE-599 w przypadku eksportu pośredniego. Obecnie, sądy administracyjne wskazują, że o ile z dokumentów wynika, iż dany towar będący przedmiotem eksportu został faktycznie wywieziony z Polski poza granicę Unii Europejskiej, to dokumenty należy uznać za wystarczające do zastosowania w eksporcie stawki VAT 0%, nawet, gdy brakuje wśród nich komunikatu IE-599.

Z eksportem pośrednim towarów w rozumieniu art. 2 pkt 8 lit. b ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług mamy do czynienia, gdy nabywca towaru ma siedzibę poza terytorium kraju, z wyłączeniem towarów wywożonych przez samego nabywcę do celów wyposażenia lub zaopatrzenia statków rekreacyjnych oraz turystycznych statków powietrznych lub innych środków transportu służących do celów prywatnych, a wywóz towarów poza terytorium Unii Europejskiej jest potwierdzony przez właściwy organ celny określony w przepisach celnych.

Jak natomiast wynika z art. 41 ust. 4 i ust. 11 ustawy o VAT, w przypadku eksportu pośredniego stawkę VAT w wysokości 0% stosuje się pod warunkiem, że podatnik przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za okres rozliczeniowy, w którym dokonał dostawy towarów, otrzymał dokument wywozowy, z którego wynika tożsamość towaru będącego przedmiotem dostawy i wywozu.

Zgodnie z art. 41 ust. 6a pkt 1 i pkt 2 ustawy o VAT dokumentem potwierdzającym wywóz towaru poza terytorium Unii Europejskiej, o którym mowa w art. 41 ust. 6 ustawy o VAT, jest m.in. otrzymany w formie elektronicznej (w tzw. systemie ECS) dokument IE-599 albo potwierdzony przez urząd celny wydruk takiego dokumentu, bądź też dokument IE-599 pochodzący z systemu ECS, otrzymany poza tym systemem, jeżeli zapewniona jest jego autentyczność.

Należy natomiast zauważyć, że po pierwsze, zgodnie z art. 41 ust. 6a pkt 3 ustawy o VAT dokumentem takim jest także zgłoszenie wywozowe na piśmie utrwalonym w postaci papierowej złożone poza systemem teleinformatycznym służącym do obsługi zgłoszeń wywozowych albo jego kopia potwierdzona przez właściwy organ celny. Po drugie natomiast, w przepisie tym (mowa o art. 41 ust. 6a ustawy o VAT) ustawodawca posługuje się formułą "w szczególności". Oznacza to, że katalog dokumentów, na podstawie których może być dokumentowany wywóz eksportowy towarów, dla celów stosowania stawki VAT 0%, jest katalogiem otwartym. Jak wskazał WSA w Gliwicach w wyroku z dnia 23 lutego 2021 r. (I SA/Gl 1459/20), "Katalog dokumentów wskazany w art. 41 ust. 6a u.p.t.u. jest katalogiem otwartym, co oznacza, że podatnik dla wykazania eksportu może posłużyć się każdym dokumentem, który jednoznacznie i w sposób niebudzący wątpliwości potwierdza wywóz towarów poza terytorium Unii Europejskiej. Podatnik powinien więc posiadać w swojej dokumentacji dowód wiarygodny, potwierdzający faktyczne dokonanie wywozu towarów poza terytorium Unii Europejskiej, z którego musi wynikać tożsamość towaru będącego przedmiotem dostawy i wywozu".

Podobnie, w wyroku WSA w Rzeszowie z dnia 24 czerwca 2021 r. (I SA/Rz 385/21) wskazano, że – "skoro przepisy celne nie ograniczają możliwości potwierdzenia wywozu towarów w inny sposób niż przy pomocy odpowiedniego komunikatu, wprowadzonego do systemu organów celnych, to tym bardziej możliwości tego rodzaju nie można wykluczyć na gruncie ustawy o VAT, tym bardziej, że art. 41 ust. 6a tej ustawy nie dostarcza do tego żadnych podstaw".

Powyższe stanowiska jednoznacznie potwierdzają, że o ile z dokumentów wynika, że dany towar będący przedmiotem eksportu został faktycznie wywieziony z Polski poza granicę Unii Europejskiej, to dokumenty te należy uznać za wystarczające do zastosowania w eksporcie stawki VAT 0%.